Аспекты изучения доместикации и селекции пород кур

Современные исследования генетического разнообразия домашних кур (Gallus gallus domesticus) имеют ключевое значение для понимания процессов доместикации и селекции пород кур для сохранения генетического разнообразия вида. В обзоре рассмотрены современные молекулярные подходы к изучению доместикации и селекции сельскохозяйственных пород кур, основанные на анализе генетического разнообразия с помощью анонимных и микросателлитных маркеров, а также изменчивости однонуклеотидных полиморфизмов в ядерном и митохондриальном геноме. Особое внимание уделено применению молекулярно-генетических подходов, включая использование современных методов оценки биоразнообразия с помощью биоинформационного статистического анализа данных, таких как расчет пробегов гомозиготности (ROH), кластерный анализ (Admixture), анализ главных компонент (РСА) и построение филогенетического дерева. Также рассмотрены методы анализа однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), используемые для выявления структуры популяций и уровня внутривидовой изменчивости у кур различных пород. Сведения о генетическом разнообразии и особенностях генома кур, полученные благодаря этим подходам, позволят оптимизировать программы селекции и сформировать основу стратегии сохранения уникальных генетических ресурсов в области птицеводства.

1. Zinovieva N.A., Deniskova T.E., Kharzinova V.R., Bagirov V.A., Romanov M.N., Volkova V.V., Grishina D.S., Abdelmanova A.S., Gusev I.V., Shchukin I.M., Trukhachev V.I., Boronetskaya O.I. Conservation of Native Livestock Breeds in Russia: Current State and Promising Prospects // Animals (Basel). 2025. Vol. 15. № 21. е:3103. DOI: 10.3390/ani15213103

2. Моисеева И.Г. Орловская порода кур. История, современное состояние, научные исследования // Известия Тимирязевской сельскохозяйственной академии. 2016. №. 1. С. 78-96.

3. Vakhrameev A.B., Narushin V.G., Larkina T.A., Barkova O.Y., Peglivanyan G.K., Dysin A.P., Dementieva N.V., Makarova A.V., Shcherbakov Y.S., Pozovnikova M.V., Bondarenko Y.V., Griffin D.K., Romanov M.N. Disentangling clustering configuration intricacies for divergently selected chicken breeds // Sci Rep. 2023. Vol. 13. № 1. е:3319. DOI: 10.1038/s41598-023-28651-8.

4. Курская Ю.А., Зайцева З.Ф. Птицеводство Часть 1: методическое пособие для занятий семинарского типа // Смоленск: ФГБОУ ВО Смоленская ГСХА. 2022. – 193 с.

5. Momen M., Ayatollahi M.A., Amiri R.M., Kranis A., Mercuri P.R., Valente B.D., Morota G., Rosa G.J.M., Gianola D. Including Phenotypic Causal Networks in Genome-Wide Association Studies Using Mixed Effects Structural Equation Models // Front Genet. 2018. № 9. е:455. DOI: 10.3389/fgene.2018.00455.

6. Restoux G., Rognon X., Vieaud A., Guemene D., Petitjean F., Rouger R., Brard-Fudulea S., Lubac-Paye S., Chiron G., Tixier-Boichard M. Managing genetic diversity in breeding programs of small populations: the case of French local chicken breeds // Genet Sel Evol. 2022. Vol. 54. № 1. е:56. DOI: 10.1186/s12711-022-00746-2.

7. Zhang J., Nie C., Li X., Ning Z., Chen Y., Jia Y., Han J., Wang L., Lv X., Yang W., Qu L. Genome-wide population genetic analysis of commercial, indigenous, game, and wild chickens using 600K SNP microarray data // Frontiers in genetics. 2020. Vol. 11. е:543294.

8. Rege J.E.O., Gibson J.P. Animal genetic resources and economic development: issues in relation to economic valuation // Ecological Economics. 2003. Vol. 45. № 3. P. 319-330. DOI: 10.1016/S0921-8009(03)00087-9

9. Woelders H., Zuidberg C.A., Hiemstra S.J. Animal Genetic Resources Conservation in the Netherlands and Europe: Poultry Perspective // Poultry Science. 2006. Vol. 85. № 2. P. 216-222. DOI: 10.1093/ps/85.2.216.

10. Bosse M. No "doom" in chicken domestication? // PLoS Genet. 2019. Vol. 30. № 15. е:1008089. DOI: 10.1371/journal.pgen.1008089.

11. Roh H.J., Kim S.C., Cho C.Y., Lee J., Jeon D., Kim D.K., Kim K.W., Afrin F., Ko Y.G., Lee J.H., Batsaikhan S., Susanti T., Hegay S., Kongvongxay S., Gorkhali N.A., Thi L.A.N., Thao T.T.T., Manikku L. Estimating genetic diversity and population structure of 22 chicken breeds in Asia using microsatellite markers // Asian-Australas J Anim Sci. 2020. Vol. 33. № 12. Р.1896-1904. DOI: 10.5713/ajas.19.0958.

12. Sanchez-Martin J., Keller B. Contribution of recent technological advances to future resistance breeding // Theor Appl Genet. 2019. Vol. 132. № 3. Р. 713-732. DOI: 10.1007/s00122-019-03297-1.

13. Hoban S., Archer F.I., Bertola L.D., Bragg J.G., Breed M.F., Bruford M.W., Coleman M.A., Ekblom R., Funk W.C., Grueber C.E., Hand B.K., Jaffé R., Jensen E., Johnson J.S., Kershaw F., Liggins L., MacDonald A.J., Mergeay J., Miller J.M., Muller-Karger F., O'Brien D., Paz-Vinas I., Potter K.M., Razgour O., Vernesi C., Hunter M.E. Global genetic diversity status and trends: towards a suite of Essential Biodiversity Variables (EBVs) for genetic composition // Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society. 2022. Vol. 97. No 4. Р. 1511-1538. DOI: 10.1111/brv.12852.

14. Michèle T.-B., Bertrand B., Xavier R. Chicken domestication: From archeology to genomics // Comptes Rendus Biologies. 2011. Vol. 334. № 3. Р. 197-204. DOI: 10.1016/j.crvi.2010.12.012.

15. Wang M.S., Li Y., Peng M.S., Zhong L., Wang Z.J., Li Q.Y., Tu X.L., Dong Y., Zhu C.L., Wang L., Yang M.M., Wu S.F., Miao Y.W., Liu J.P., Irwin D.M., Wang W., Wu D.D., Zhang Y.P. Genomic Analyses Reveal Potential Independent Adaptation to High Altitude in Tibetan Chickens // Molecular Biology and Evolution. 2015. Vol. 32. № 7. Р. 1880-1889. DOI: 10.1093/molbev/msv071.

16. Wang M.S., Otecko N.O., Wang S., Wu D.D., Yang M.M., Xu Y.L., Murphy R.W., Peng M.S., Zhang Y.P. An Evolutionary Genomic Perspective on the Breeding of Dwarf Chickens // Mol Biol Evol. 2017. Vol. 34. № 12. Р.3081-3088. DOI: 10.1093/molbev/msx227.

17. Wen-Hsiung Li. Dynamics of genes in populations // In: Molecular Evolution. Sunderland MA, Sinauer Associates Inc. 1997. P. 456.

18. Селионова М.И., Гладырь Е.А., Антоненко Т.И., Бурылова С.С. Молекулярно-генетические маркеры в селекционной работе с разными видами сельскохозяйственных животных // Аграрный вестник Северного Кавказа. 2012. №2. С. 30-35.

19. Kapusta A., Suh A. Evolution of bird genomes — a transposon's-eye view // Annals of the New York Academy of Sciences. 2017. Vol. 1389. № 1. Р. 164-185. DOI: 10.1111/nyas.13295.

20. Сайфитдинова А.Ф. Организация некодирующих элементов в геномах птиц // Интегративная физиология. 2022. Т. 3. №. 2. С. 185-203.

21. Warren W.C., Hillier L.W., Tomlinson C., Minx P., Kremitzki M., Graves T., Markovic C., Bouk N., Pruitt K.D., Thibaud-Nissen F., Schneider V., Mansour T.A., Brown C.T., Zimin A., Hawken R., Abrahamnes M., Pyrkosz A.B., Morisson M., Fillon V., Vignal A., Chow W., Howe K., Fulton J.E., Miller M.M., Lovell P., Mello C.V., Wirthlin M., Mason A.S., Kuo R., Burt D.W., Dodgson J.B., Cheng H.H. A New Chicken Genome Assembly Provides Insight into Avian Genome Structure // G3 (Bethesda). 2017. Vol. 7. № 1. Р. 109-117. DOI: 10.1534/g3.116.035923.

22. Zhang G., Jarvis E.D., Gilbert M.T. Avian genomes. A flock of genomes // Science. 2014. Vol. 346. № 6215. Р. 1308-1309. DOI: 10.1126/science.2014.346.6215.346_1308.

23. DeWoody J.A., Avise J.C. Microsatellite variation in marine, freshwater and anadromous fishes compared with other animals // Journal of fish biology. 2000. Vol. 56. № 3. Р. 461-473. DOI: 10.1111/j.1095-8649.2000.tb00748.x.

24. Marzieh E.R., Hernández Y., Drinan S.D. Genome-wide characterization of human minisatellite VNTRs: population-specific alleles and gene expression differences // Nucleic Acids Research. 2021. Vol. 49. № 8.Р. 4308–4324. DOI: 10.1093/nar/gkab2249.

25. Терлецкий, В. П. Анализ генетической структуры семи генофондных популяций кур // Journal of Agriculture and Environment. 2022. № 3. DOI: 10.23649/jae.2022.3.23.08.

26. Тыщенко В.И. Молекулярно-генетический анализ внутрипопуляционного разнообразия в генофондной Павловской породе кур // Исследования в области естественных наук. 2015. № 6 [Электронный ресурс]. URL: https://science.snauka.ru/2015/06/10140 (дата обращения: 29.11.2025).

27. Witherspoon D.J., Watkins W.S., Zhang Y., Xing J., Tolpinrud W.L., Hedges D.J., Batzer M.A., Jord L.B. Alu repeats increase local recombination rates // BMC Genomics. 2009. Vol. 10. ID: 530. DOI: 10.1186/1471-2164-10-530.

28. Watanabe M., Nikaido M., Tsuda T.T., Inoko H., Mindell D.P., Murata K., Okada N. The rise and fall of the CR1 subfamily in the lineage leading to penguins // Gene. 2006. Vol. 365. Р. 57-66. DOI: 10.1016/j.gene.2005.09.042.

29. Мустафин Р.Н. Роль транспозонов в структурной эволюции геномов эукариот // Гены и Клетки. 2021. Т. 16. № 2. c. 23-30. DOI: 10.23868/202107001.

30. Sela N., Kim E., Ast G. The role of transposable elements in the evolution of non-mammalian vertebrates and invertebrates // Genome Biology. 2010. Vol. 11. № 6. ID: R59. DOI: 10.1186/gb-2010-11-6-r59/.

31. Lynch M. DNA Fingerprinting: Approaches and Applications // Birkhauser Verlag; Basel, Switzerland. 1991. P. 113–126.

32. Ponsuksili S., Wimmers K., Schmoll F., Horst P., Schellander K. Comparison of multilocus DNA fingerprints and microsatellites in an estimate of genetic distance in chicken // J. Hered. 1999. Vol. 90. P. 656–659. DOI: 10.1093/jhered/90.6.656.

33. Haberfeld A., Cahaner A., Yoffe O., Plotsky Y., Hillel J. DNA fingerprints of farm animals generated by microsatellite and minisatellite DNA probes // Anim. Genet. 1991. Vol. 22. P. 299–305. DOI: 10.1111/j.1365-2052.1991.tb00681.x.

34. Litt M., Luty J.A. A hypervariable microsatellite revealed by in vitro amplification of a dinucleotide repeat within the cardiac muscle actin gene // The American Journal of Human Genetics. 1989. Vol. 44. № 3. Р. 397-401.

35. Tautz D. Hypervariability of simple sequences as a general source for polymorphic DNA markers // Nucleic Acids Research. 1989. Vol. 17. p. 6463-6471. DOI: 10.1093/nar/17.16.6463.

36. Bowcock A.M., Ruiz-Linares A., Tomfohrde J., Minch E., Kidd J.R., Cavalli-Sforza L.L. High resolution of human evolutionary trees with polymorphic microsatellites // Nature. 1994. Vol. 368. № 6470. Р. 455-457. DOI: 10.1038/368455a0.

37. Jarne P., Lagoda P.J. Microsatellites, from molecules to populations and back // Trends in Ecology & Evolution. 1996. Vol. 11. № 11. Р. 424-429. DOI: 10.1016/0169-5347(96)10049-5.

38. Askari G., Shabani A., Miandare H.K. Application of molecular markers in fisheries and aquaculture // Scientific Journal of Animal Science. 2013. Vol. 2. № 4. Р. 82-88. DOI:10.1007/978-981-99-2981-8_7.

39. Khatei A., Tripathy P.S., Parhi J., Pandey P.K., Parhi J. Advances in Fisheries Biotechnology. Molecular Markers in Aquaculture. Singapore // Singapore: Springer Nature Singapore. 2021. Р.165. DOI: 10.1007/978-981-16-3215-0.

40. Qiu B, Fang S., Ikhwanuddin M., Wong L., Ma H. Genome survey and development of polymorphic microsatellite loci for Sillago sihama based on Illumina sequencing technology // Molecular Biology Reports. 2020. Vol. 47. № 4. Р. 3011-3017. DOI: 10.1007/s11033-020-05348-z.

41. Xu P., Lu C., Sun Z., Kuang Y., Cao D., Huo T., Li C., Jin H., Zheng X. In Silico Screening and Development of Microsatellite Markers for Genetic Analysis in Perca fluviatilis // Animals (Basel). 2022. Vol. 12. ID: 1809. DOI: 10.3390/ani12141809.

42. Zhuang Z., Zhao L., Zong W., Guo Q., Li X., Bi Y., Wang Z., Jiang Y., Chen G., Li B., Chang G., Bai H. Genetic diversity and breed identification of Chinese and Vietnamese local chicken breeds based on microsatellite analysis // Journal of Animal Science. 2023. Vol. 101. ID: skad182. DOI: 10.1093/jas/skad182.

43. Zaidi A.A., Makova K.D. Investigating mitonuclear interactions in human admixed populations // Nature Ecology & Evolution. 2019. Vol. 3. № 2. Р. 213-222. DOI: 10.1038/s41559-018-0766-1.

44. Белослудцев К.Н, Дубинин М. В., Белослудцева Н. В., Миронова Г. Д. Транспорт ионов Са2+ митохондриями: механизмы, молекулярные структуры и значение для клетки // Биохимия. 2019. Т. 84. № 6. с. 759-775. DOI: 10.1134/S0320972519060022.

45. Frantz L.A.F., Bradley D.G., Larson G., Orlando L. Animal domestication in the era of ancient genomics // Nature Reviews Genetics. 2020. Vol. 21. № 8. Р. 449-460. DOI: 10.1038/s41576-020-0225-0.

46. Jain K., Panigrahi M., Nayak S.S., Rajawat D., Sharma A., Sahoo S.P., Bhushan B., Dutt T. The evolution of contemporary livestock species: Insights from mitochondrial genome // Gene. 2024. Vol 9. №27. е:148728. DOI: 10.1016/j.gene.2024.148728.

47. Демин А.Г., Данилова М.И., Галкина С.А. Анализ полиморфизма D-петли митохондриальной ДНК для оценки популяционного разнообразия кур породы Павловская // Экологическая генетика. 2015 T. 13. № 4. c. 68-75. DOI: 10.17816/ecogen13468-75.

48. Zhou T., Shen X., Irwin D.M., Shen Y., Zhang Y. Mitogenomic analyses propose positive selection in mitochondrial genes for high-altitude adaptation in galliform birds /// Mitochondrion. 2014. № 18. Р. 70-75. DOI: 10.1016/j.mito.2014.07.012.

49. Liu Z.G., Lei C.Z., Luo J., Ding C., Chen G.H., Chang H., Wang K.H., Liu X.X., Zhang X.Y., Xiao X.J., Wu S.L. Genetic variability of mtDNA sequences in Chinese native chicken breeds // Asian-Australasian Journal of Animal Sciences. 2004. Vol. 17. № 7. Р. 903-907. DOI: 10.5713/ajas.2004.903.

50. Larson G., Piperno D.R., Allaby R.G., Purugganan M.D., Andersson L., Arroyo-Kalin M., Barton L., Climer Vigueira C., Denham T., Dobney K., Doust A.N., Gepts P., Gilbert M.T., Gremillion K.J., Lucas L., Lukens L., Marshall F.B., Olsen K.M., Pires J.C., Richerson P.J., Rubio de Casas R., Sanjur O.I., Thomas M.G., Fuller D.Q.Current perspectives and the future of domestication studies. Animal Domestication: A Brief Overview // Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA. 2014. Vol. 111. № 17. Р. 6139-6146. DOI: 10.1073/pnas.1323964111.

51. Altshuler D.L., Dudley R. The physiology and biomechanics of avian flight at high altitude // Integrative and Comparative Biology. 2006. Vol. 46. № 1. Р. 62-71. DOI: 10.1093/icb/icj008.

52. Niu D., Fu Y., Luo J., Ruan H., Yu X.P., Chen G., Zhang Y.P. The origin and genetic diversity of Chinese native chicken breeds // Biochemical Genetics. 2002. Vol. 40. № 5-6. Р.163-174. DOI: 10.1023/a:1015832108669.

53. Melton T. Mitochondrial DNA Heteroplasmy // Forensic Science Review. 2004. Vol. 16. № 1. Р. 1-20.

54. Godinez C.J.P., Layos J.K.N., Yamamoto Y., Kunieda T., Duangjinda M., Liao L.M., Huang X.H., Nishibori M. Unveiling new perspective of phylogeography, genetic diversity, and population dynamics of Southeast Asian and Pacific chickens // Scientific Reports. 2022. Vol. 12. № 1. ID: 14609. DOI: 10.1038/s41598-022-18904-3.

55. Naderi S., Rezaei H.R., Taberlet P., Zundel S., Rafat S.A., Naghash H.R., Barody M.A., Ertugrul O., Pompanon F. Large-scale mitochondrial DNA analysis of the domestic goat reveals six haplogroups with high diversity // PLoS One. 2007. Vol. 2. № 10. ID: e1012. DOI: 10.1371/journal.pone.0001012.

56. Chanock S. Candidate genes and single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the study of human disease // Disease Markers. 2001. Vol. 17. № 2. Р. 89-98. DOI: 10.1155/2001/858760.

57. Brookes A. J. The essence of SNPs // Gene. 1999. Vol. 234. № 2. Р. 177-186. DOI: 10.1016/s0378-1119(99)00219-x.

58. Christensen O.F., Lund M.S. Genomic prediction when some animals are not genotyped // Genet Sel Evol. 2010. Vol 42. № 2. DOI: 10.1186/1297-9686-42-2.

59. Ghosh M., Sharma N., Singh A.K., Gera M., Pulicherla K.K., Jeong D.K. Transformation of animal genomics by next-generation sequencing technologies: a decade of challenges and their impact on genetic architecture // Critical Reviews in Biotechnology. 2018. Vol. 38. № 8. Р. 1157-1175. DOI: 10.1080/07388551.2018.1451819.

60. Manjula P., Bed'Hom B., Hoque M.R., Cho S., Seo D., Chazara O., Lee S.H., Lee J.H. Genetic diversity of MHC-B in 12 chicken populations in Korea revealed by single-nucleotide polymorphisms // Immunogenetics. 2020. Vol. 72. № 6-7. Р. 367-379. DOI: 10.1007/s00251-020-01176-4.

61. Feng J., Zhu W., Shi H., Peng D., Zang L., Wang Y., ZhaXi L., BaiMa J., Amevor F.K., Wang X., Ma X., Zhao X. Analysis of the Selection Signal of the Tibetan Black Chicken Genome Based on Whole-Genome Sequencing // Genes (Basel). 2023. Vol.14. № 9. ID: 1672. DOI: 10.3390/genes14091672.

62. Rostamzadeh Mahdabi E., Esmailizadeh A., Ayatollahi Mehrgardi A., Asadi Fozi M. A genome-wide scan to identify signatures of selection in two Iranian indigenous chicken ecotypes // Genetics Selection Evolution. 2022. Vol. 54. № 1. ID: 28. DOI: 10.1186/s12711-022-00720-y.

63. Romé H., Varenne A., Hérault F. GWAS analyses reveal QTL in egg layers that differ in response to diet differences // Genet Sel Evol. 2015. Vol 47. P. 83. DOI: 10.1186/s12711-015-0160-2.

64. Kudinov A.A., Dementieva N.V., Mitrofanova O.V. Genome-wide association studies targeting the yield of extraembryonic fluid and production traits in Russian White chickens // BMC Genomics. 2019. Vol 20. P. 270. DOI: 10.1186/s12864-019-5605-5.

65. Pocrnic I., Obšteter J., Gaynor R.C. Assessment of long-term trends in genetic mean and variance after the introduction of genomic selection in layers: a simulation study // Front Genet. 2023. Vol. 14. e: 1168212. DOI: 10.3389/fgene.2023.116821.

66. Abdelmanova A.S., Dotsev A.V., Romanov M.N. Unveiling comparative genomic trajectories of selection and key candidate genes in egg-type Russian White and meat-type White Cornish chickens // Biology. 2021. Vol 10. №9. Р. 876. DOI: 10.3390/biology1009087.

67. Ou J.H., Rönneburg T., Carlborg Ö., Honaker C.F., Siegel P.B., Rubin C.J. Complex genetic architecture of the chicken Growth1 QTL region // PLoS One. 2024. Vol 19. №5. е:0295109. DOI: 10.1371/journal.pone.0295109.

68. Dementieva N.V., Shcherbakov Y.S., Stanishevskaya O.I., Vakhrameev A.B.., Larkina T.A., Dysin A.P., Nikolaeva O.A., Ryabova A.E., Azovtseva A.I., Mitrofanova O.V., Peglivanyan G.K., Reinbach N.R., Griffin D.K., Romanov M.N. Large-scale genome-wide SNP analysis reveals the rugged (and ragged) landscape of global ancestry, phylogeny, and demographic history in chicken breeds // J Zhejiang Univ Sci B. 2024. Vol. 25. № 4. Р. 324-340. DOI: 10.1631/jzus.B2300443.

69. Romanov M.N., Abdelmanova A.S., Fisinin V.I., Gladyr E.A., Volkova N.A., Anshakov D.V., Stanishevskaya O.I., Vakhrameev A.B., Dotsev A.V., Griffin D.K., Zinovieva N.A. Whole Genome Screening Procures a Holistic Hold of the Russian Chicken Gene Pool Heritage and Demographic History // Biology (Basel). 2023. Vol. 12. № 7. Р. 979. DOI: 10.3390/biology12070979.

70. Holsinger K.E., Weir B.S. Genetics in geographically structured populations: defining, estimating and interpreting FST // Nature Review Genetics. 2009. Vol. 10. № 9. Р. 639-650. DOI: 10.1038/nrg2611.

71. Гладырь Е.А., Зиновьева H.A., Косян Д.Б., Волкова В.В, Гончаренкоб Г.М. Солошенко В.А., Карпов А.П., Эрнст Л.К., Брем Г. Характеристика аллелофонда крупного рогатого скота некоторых мясных пород, разводимых на территории Южного Урала и Западной Сибири // Достижения науки и техники АПК. 2013. № 3. С. 61-63.

72. Nei M. Genetic distance between populations // The American Naturalist. 1972. Vol. 106. № 949. Р. 283–292. DOI: 10.1086/282771.

73. Dementieva N.V., Shcherbakov Y.S., Tyshchenko V.I., Terletsky V.P., Vakhrameev A.B., Nikolaeva O.A., Ryabova A.E., Azovtseva A.I., Mitrofanova O.V., Peglivanyan G.K., Reinbah N.R., Griffin D.K., Romanov M.N. Comparative Analysis of Molecular RFLP and SNP Markers in Assessing and Understanding the Genetic Diversity of Various Chicken Breeds // Genes (Basel). 2022. Vol. 13. №10. 1876. DOI:10.3390/genes13101876.

74. Jolliffe I.T., Cadima J. Principal component analysis: a review and recent developments / I.T. Jolliffe, // Philosophical Transactions: Mathematical, Physical and Engineering Sciences. 2016. Vol. 374. № 2065. ID: 20150202. DOI: 10.1098/rsta.2015.0202.

75. Sovi S.A, Adomako K., Kyei B., Kena A.W., Olympio O.S., Aggrey S.E. Сomparative study of population structure and genetic diversity of commercial and indigenous chickens from different agro-ecological zones in Ghana using SilicoDArT and SNP markers // Gene. 2024. Vol. 929. № 1. Р. 148823. DOI: 10.1016/j.gene.2024.148823.

76. Pritchard J.K., Stephens M., Donnelly P. Inference of Population Structure Using Multilocus Genotype Data // Genetics. 2000. Vol. 155. № 2. Р. 945-959. DOI: 10.1093/genetics/155.2.945.

77. Atramentova L.A. Bayesian statistics in human genetics // Faktori eksperimental'noi evolucii organizmiv. 2020. Vol. 26. Р. 316-319. DOI: 10.7124/FEEO.v26.1286.

78. Yuan J., Li S., Sheng Z., Zhang M., Liu X., Yuan Z., Yang N., Chen J. Genome-wide run of homozygosity analysis reveals candidate genomic regions associated with environmental adaptations of Tibetan native chickens // BMC Genomics. 2022. Vol.23. № 1. Р. 91. DOI: 10.1186/s12864-021-08280-z.

79. Nie C., Almeida P., Jia Y., Bao H., Ning Z., Qu L. Genome-Wide Single-Nucleotide Polymorphism Data Unveil Admixture of Chinese Indigenous Chicken Breeds with Commercial Breeds // Genome Biology and Evolution. 2019. Vol. 11. № 7. Р. 1847-1856. DOI: 10.1093/gbe/evz128.

80. Adomako K., Sovi S., Kyei B., Hamidu J.A., Olympio O.S., Aggrey S.E. Phenotypic characterization and analysis of genetic diversity between commercial crossbred and indigenous chickens from three different agro-ecological zones using DArT-Seq technology // PLoS One. 2024. Vol. 19. № 5. ID: e0297643. DOI: 10.1371/journal.pone.0297643.

81. Дементьева Н.В., Романов М.Н., Кудинов А.А, Митрофанова О.В., Станишевская О.И., Терлецкий В.П., Федорова Е.С., Никиткина Е.В, Племяшов К.В. Изучение структуры генофондной популяции русской белой породы кур методом геномного SNP-сканирования // Сельскохозяйственная биология. 2017. Т. 52. № 6. С. 1166-1174. DOI: 10.15389/agrobiology.2017.6.1166rus.

82. Boudali S.F., Al-Jumaili A.S., Bouandas A., Mahammi F.Z., Tabet Aoul N., Hanotte O., Gaouar S.B.S. Maternal origin and genetic diversity of Algerian domestic chicken (Gallus gallus domesticus) from North-Western Africa based on mitochondrial DNA analysis // Animal Biotechnology. 2022. Vol. 33. № 3. Р. 457-467. DOI: 10.1080/10495398.2020.1803892.

83. Kanakachari M., Chatterjee R.N., Reddy M.R., Dange M., Bhattacharya T.K. Indian Red Jungle fowl reveals a genetic relationship with South East Asian Red Jungle fowl and Indian native chicken breeds as evidenced through whole mitochondrial genome sequences // Frontiers in Genetics. 2023. № 14. ID: 1083976. DOI: 10.3389/fgene.2023.1083976.

84. Ren X, Guan Z., Li H., Zhang L., Wen J., Zhao X., Wang G., Zhang X., Wang H., Yu F., Chen Z., Qu L. Phylogenetic analysis reveals multiple origins of Chinese gamecocks // Poultry Science. 2023. Vol. 102. № 12. ID: 103068. DOI: 10.1016/j.psj.2023.103068.

85. Al-Jumaili A.S., Hanotte O. The usefulness of maternally inherited genetic markers for phylogeographic studies in village chicken // Animal Biotechnology. 2023. Vol. 34. № 4. Р. 863-881. DOI: 10.1080/10495398.2021.200042.

86. Page R.D. TreeView: an application to display phylogenetic trees on personal computers // Computer Applications in the Biosciences. 1996. Vol. 12. № 4. Р. 357-358. DOI: 10.1093/bioinformatics/12.4.357.

87. Kirin M., McQuillan R., Franklin C.S., Campbell H., McKeigue P.M., Wilson J.F. Genomic runs of homozygosity record population history and consanguinity // PLoS ONE. 2010. Vol. 5. е:13996. DOI: 10.1371/journal.pone.0013996.

88. Letunic I., Bork P. Tree Of Life (iTOL) v4: recent updates and new developments // Nucleic Acids Research. 2019. Vol. 47. № W1. Р. W256-259. DOI: 10.1093/nar/gkz239.

89. Velasco V.V., Tsudzuki M., Hashimoto N., Goto N., Ishikawa A. Genetic Diversity, Runs of Homozygosity, and Selection Signatures in Native Japanese Chickens: Insights from Single-Nucleotide Polymorphisms // Animals (Basel). 2024. Vol. 14. № 22. ID: 3341. DOI: 10.3390/ani14223341.

90. Tan X., Liu L., Dong J., Huang M., Zhang J., Li Q., Wang H., Bai L., Cui M., Zhou Z., Wu D., Xiang Y., Li W., Wang D. Genome-wide detections for runs of homozygosity and selective signatures reveal novel candidate genes under domestication in chickens // BMC Genomics. 2024. Vol. 25. № 1. Р. 485. DOI: 10.1186/s12864-024-10349-4.

91. Недашковский И.С., Сермягин А.А., Костюнина О.В., Янчуков И.Н., Зиновьева Н.А. Влияние уровня геномного инбридинга, оцененного по ROH-паттернам, на воспроизводительные качества и молочную продуктивность дочерей, а также спермопродукцию голштинских быков-производителей // Достижения науки и техники АПК. 2021. № 3. С. 148-154. DOI: 10.24411/0235-2451-2021-10307.

92. F.C., Joshi P.K., Clark D.W., Ramsay M., Wilson J.F. Runs of Homozygosity: Windows Into Population History and Trait Architecture // Nature Reviews Genetics. 2018. Vol. 19. № 4. Р. 220-234. DOI: 10.1038/nrg.2017.109.

93. Foote A.D., Hooper R., Alexander A., Baird R.W., Baker C.S., Ballance L., Barlow J., Brownlow A., Collins T., Constantine R., Dalla Rosa L., Davison N.J., Durban J.W., Esteban R., Excoffier L., Martin S.L.F., Forney K.A., Gerrodette T., Gilbert M.T.P., Guinet C., Hanson M.B., Li S., Martin M.D., Robertson K.M., Samarra F.I.P., de Stephanis R., Tavares S.B., Tixier P., Totterdell J.A., Wade P., Wolf J.B.W., Fan G., Zhang Y., Morin P.A. Runs of Homozygosity in Killer Whale Genomes Provide a Global Record of Demographic Histories // Molecular Ecology. 2021. Vol. 30. № 23. Р. 6162-6177. DOI: 10.1111/mec.16137.

94. McQuillan R., Leutenegger A.L., Abdel-Rahman R., Franklin C.S., Pericic M., Barac-Lauc L., Smolej-Narancic N., Janicijevic B., Polasek O., Tenesa A., Macleod A.K., Farrington S.M., Rudan P., Hayward C., Vitart V., Rudan I., Wild S.H., Dunlop M.G., Wright A.F., Campbell H., Wilson J.F. Runs of homozygosity in European populations // The American Journal of Human Genetics. 2008. Vol. 83. № 5. ID: 658. DOI: 10.1016/j.ajhg.2008.08.007.

95. Silva G.A., Harder A.M., Kirksey K.B., Mathur S., Willoughby J.R. Detectability of Runs of Homozygosity Is Influenced by Analysis Parameters and Population‐Specific Demographic History // PLOS Computational Biology. 2024. Vol. 20. № 10. ID: e1012566. DOI: 10.1101/2022.09.29.510155.

96. Hewett A.M., Stoffel M.A., Peters L., Johnston S.E., Pemberton J.M. Selection, Recombination and Population History Effects on Runs of Homozygosity (ROH) in Wild Red Deer (Cervus elaphus) // Heredity. 2023. Vol. 130. № 4. Р. 242-250. DOI: 10.1038/s41437-023-00602-z.